Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа №3 города Лебедянь начинает свою историю с открытия в 1957 году семилетней школы №2, которая 1 сентября 1958 была преобразована в среднюю школу №3 города Лебедяни, а в 1999 году получила звание школы с углубленным изучением отдельных территорий.
С 2015 года школа носит название Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа № 3 города Лебедянь Лебедянского муниципального района Липецкой области (МБОУ СОШ № 3 г. Лебедянь).
17 января 2023 года открыл свои двери новый трёхэтажный корпус школы на 500 мест. Школа построена по программе Минсельхоза России «Комплексное развитие сельских территорий».
